Né à Florence, en 1540, après la mort de son père, il a été amené et formé dans l’art par un ami proche, souvent désigné comme son « oncle », le peintre maniériste Agnolo Bronzino, dont le nom se retrouve parfois dans ses tableaux.
À certains égards, Allori est le dernier de la lignée d’éminents peintres florentins qui a, de façon générale, non dilué le patrimoine artistique toscan : Andrea del Sarto a travaillé avec Fra Bartolomeo (ainsi que Leonardo da Vinci), Pontormo a brièvement travaillé en sous la supervision de Andrea, et formés Bronzino, qui a formé Allori.
Les générations suivantes dans la ville ont été fortement influencées par la marée des styles baroque prééminents dans d’autres parties de l’Italie.
Freedburg se moque d’Allori affirmant qu’il est un dérivé, et qu’il illustre « l’idéal du Maniérisme par lequel l’art (et le style) sont générés à partir de l’art préexistant.
Le fini des visages a une forme naturelle de marbre comme si il cherchait un statut froid. On peut dire de la phase tardive de la peinture maniériste à Florence, que la vie de la ville qui était imprégnée au début avec les œuvres de maîtres tels que Donatello et Michel-Ange était encore si marquée par eux qu’elle suggérait plusieurs poses de figures dans la peinture.
Alors qu’en 1600, le baroque ailleurs commençait à donner vie à des figures peintes, Florence peinturait des statues à deux dimensions. En outre, en général, à l’exception de la Maniera Contra (artistes Contre-maniérisme), ils n’osaient pas s’éloigner de thèmes secondaires ou s’égarer dans une grande émotion.
Parmi ses collaborateurs, on retrouve Giovanni Maria BUTTERI et son élève principal qui était Giovanni BIZZELLII.
Cristoforo del Altissimo, Aurelio Lomi, Cesare Dandini, Giovanni Battista Vanni, John Mosnier, et Monanni ont également été ses élèves. Allori a été l’un des artistes, travaillant sous Vasari, participant à la décoration de la Studiolo de Francesco I. Il est le père de Cristofano Allori (1577-1621).